O HEAB trabalha a humanização na saúde através dos princípios, diretrizes e dispositivos da Política Nacional de Humanização (PNH) e da Política Estadual de Humanização (PEH), sendo, a humanização uma de suas bases para a realização do trabalho assistencial.

Na assistência, a humanização no HEAB preconiza a inclusão do paciente e sua família no processo de tratamento, através de um olhar integral sobre o processo saúde-doença, sendo uma das principais estratégias o trabalho em equipe multiprofissional.

Na gestão, contribui para o aprimoramento dos processos de trabalho, através da inclusão do trabalhador em espaços coletivos de co-gestão, os quais possibilitam a participação deste no planejamento, execução e avaliação das práticas de saúde.

Em 2012, o HEAB foi considerado pela Secretaria de Estado da Saúde (SES) como um hospital referência em humanização, a partir do reconhecimento da realização de ações avançadas em humanização, sendo o único hospital do interior paulista.  Desde então, participa do projeto "Hospitais Referência em Humanização", proposto e desenvolvido pelo Núcleo Técnico de Humanização (NTH), da SES, o qual objetiva disseminar ações de humanização através do compartilhamento das experiências com outras instituições hospitalares.

Também fazem parte deste projeto as seguintes instituições de saúde: Hospital Estadual São Mateus, Hospital Geral de Itapecerica da Serra, Hospital Geral de Pirajussara, Hospital Regional de Cotia, Centro de Referência e Treinamento em Doenças Sexualmente Transmissíveis (CRT AIDS) e o Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP).